Slurm 安装(Ubuntu)
sudo apt install slurm-wlm slurmctld slurmd
# 编辑 /etc/slurm/slurm.conf 配置队列和资源
核心配置
slurm.conf 中需要定义:
- 节点信息:CPU 核数、内存、GPU 数量
- 队列(Partition):如 cpu 队列、gpu 队列分开管理
- 用户限制:每用户最大同时运行的 CPU/GPU 数
常用命令
| 命令 | 用途 |
|---|---|
sbatch job.sh | 提交批处理任务 |
srun --pty bash | 交互式申请资源 |
squeue | 查看队列状态 |
scancel JOBID | 取消任务 |
sinfo | 查看节点资源 |
sacct -u USERNAME | 查看历史任务 |
生信任务提交示例
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bwa_align
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem=80G
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --output=align_%j.log
bwa-mem2 mem -t 16 ref.fa R1.fq R2.fq | samtools sort -@ 16 -o out.bam
提交:sbatch align.sh,系统自动在有空闲资源时执行,不需要人工等待。