Slurm 安装(Ubuntu)

sudo apt install slurm-wlm slurmctld slurmd
# 编辑 /etc/slurm/slurm.conf 配置队列和资源

核心配置

slurm.conf 中需要定义:

常用命令

命令用途
sbatch job.sh提交批处理任务
srun --pty bash交互式申请资源
squeue查看队列状态
scancel JOBID取消任务
sinfo查看节点资源
sacct -u USERNAME查看历史任务

生信任务提交示例

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=bwa_align
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem=80G
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --output=align_%j.log

bwa-mem2 mem -t 16 ref.fa R1.fq R2.fq | samtools sort -@ 16 -o out.bam

提交:sbatch align.sh,系统自动在有空闲资源时执行,不需要人工等待。