WGBS 分析资源需求
| 环节 | 工具 | 内存 | CPU 需求 | 单样本耗时（16 核） |
|---|---|---|---|---|
| 质控 + 去重 | fastp/Trim Galore | 8 GB | 轻 | <1 小时 |
| 比对 + 甲基化 calling | Bismark | 32-64 GB | 重（4× 转换比对） | 10-20 小时 |
| 去重 | deduplicate_bismark | 16 GB | 中 | 1-2 小时 |
| 甲基化提取 | bismark_methylation_extractor | 16-32 GB | 中 | 2-5 小时 |
| DMR 差异区域 | DSS/metilene | 32-64 GB | 中 | 1-3 小时 |
存储规划（人类 30× 单样本）
- FASTQ：~90 GB
- Bismark BAM（C2T+G2A 双链）：~150-200 GB
- 甲基化调用文件（bedGraph/coverage）：~20-50 GB
- 合计按 300 GB/样本规划，10 样本项目约 3-4 TB
850K 芯片是替代选择
预算有限且只关心 promoter/CpG 位点的团队可选 Illumina 850K 芯片：数据量仅数百 MB，minfi/ChAMP 分析 16GB 内存即可，不需要服务器。WGBS 适合全基因组新位点发现与低频甲基化检测。
做 WGBS 队列（≥10 样本）建议 32 核 / 128GB / 8TB 起步，Bismark 批量比对阶段可以多样本并行摊薄墙钟时间。
常见问题
WGBS 比 WGS 数据量大吗？
原始数据量相近（30× 约 90-100GB/样本），但 Bismark 比对输出 BAM 约 2 倍大，总存储按 3 倍原始数据规划更稳妥。
Bismark 比对为什么特别慢？
WGBS 比对要做 C→T 和 G→A 双向转换后再比对，计算量约是普通 WGS 比对的 4 倍。多核并行是必须的。