先看结论：没有一种评分方法适合所有数据。先确认表达值、样本数量、基因集版本和研究目标，再选方法；同一项目不要在看到结果后反复换算法挑显著结果。
适用情况
已经有芯片或 bulk RNA-seq 的基因×样本表达矩阵，希望得到每个样本的铁死亡相关分数。
建议按这个顺序检查
- 先确认输入是芯片标准化表达、TPM/CPM 或经过合适变换的表达矩阵；原始 count 不应不加说明地直接当成连续表达值使用。
- 固定铁死亡基因集的来源、版本、物种和筛选口径，记录实际命中的基因数量。
- 如果目标是样本间连续评分，可比较 GSVA 与 ssGSEA 的稳定性；如果目标是组间差异，仍要回到研究设计、批次和协变量。
- 先在预先确定的主要方法上完成分析，再把另一种方法作为敏感性分析，不以哪个更显著作为选择依据。
- 用外部队列或独立证据验证方向，不把一个分数直接等同于铁死亡已经发生。
不能从当前结果直接得出什么
转录组评分反映的是基因集表达模式，不是脂质过氧化、铁依赖性细胞死亡或药理学救援实验的替代证据。跨平台分数通常不能直接比较绝对值。
依据与版本
- Bioconductor GSVA 软件手册GSVA 2.2.1 手册
- FerrDb V3：调控性细胞死亡数据库FerrDb V3
最后核验：2026-10-10｜资料核验：公开来源核对