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云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-02-02 scMerge2魔法指南:小果带你领略单细胞数据融合的奇妙之旅! 前言 单细胞多样本整合工具大家也学过很多了吧!但是除了 Seurat、SAUCIE 和 Scanorama 之 [&he… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-02-02 CCPlotR: 可视化细胞间相互作用(scRNA-seq) 今天小果要分享的新鲜好包是2023年9月20日发表于Bioinformatics Advances上用于可视化 [&hellip… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-31 超简单!使用spaceranger做空间转录组分析 今天小果带大家使用spaceranger进行空间转录组的分析。 空间转录组简介 传统的单细胞测序,是将… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-31 拟时序分析不会做?R包Monocle3来解决 今天小果来为大家介绍细胞拟时序分析以及如何使用monocle3做细胞拟时序分析。 那么什么是细胞拟… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-29 从小白到空转达人:小果教你用Scanpy包玩转前沿热点空间转录组分析! 大家好呀,我们又见面啦,今天和大家聊聊单细胞和空转分析中一个很基础的包——Scanpy,Scanpy 是… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-29 单细胞测序分析(六)Seurat寻找marker基因以及细胞鉴定 上一期小果使用了三种降维算法对单细胞数据进行了降维和聚类,将2700个细胞分成了9个细胞亚群。… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-25 单细胞测序分析(五)R包Seurat三种算法对数据聚类降维 大家好,小果今天继续介绍R包Seurat单细胞测序分析。 上一期我们用Seurat对数据进行了进一步的… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-25 单细胞测序分析(四)R包Seurat下游分析 上一期小果用loupe brosew进一步探索单细胞测序处理结果,但是它的功能有限,还无法实现复杂的… 阅读全文 ›
云生信学生物信息学 云生信学生物信息学 · 2024-01-24 SCP探索单细胞宇宙的魔法工具,加速生物信息学研究 在之前,小果为大家介绍了popsicleR这个令人惊叹的R包,它提供了从单细胞分析质控到细胞注释的… 阅读全文 ›