先看结论：基因数差异通常由数据库版本、死亡类型、角色和证据筛选、物种、ID 映射及去重规则共同造成。不要把论文里的一个数字当作永久标准。应保存“原始记录—筛选—映射—唯一基因—表达矩阵命中”的完整数量链，再判断两篇研究是否真的用了同一套基因。
适用情况
准备复现论文中的铁死亡基因集，发现下载数量与论文不一致，或者需要向审稿人说明基因集的来源和口径。
建议按这个顺序检查
- 先明确是在复现原论文还是构建新研究基线：前者尽量取得原始补充文件，后者使用明确记录的当前版本。
- 固定死亡类型、角色、置信等级和纳入规则，保存下载原文件及文件校验值。
- 记录原始条目数和唯一基因数；同一基因的多篇文献不能算作多个独立特征。
- 进行物种与 ID 映射，保存未映射、一对多和重复处理的明细。
- 最后对表达矩阵求命中，报告命中数和分母；缺失过多时检查 ID 与检测范围，不能只把未命中基因静默丢掉。
用数量链定位差异
以上数字仅用于演示记录方法，不代表任何 FerrDb 版本的真实总数。这个例子应报告“52/70 个候选基因命中”，而不是把 120 行记录写成 120 个铁死亡基因。
| 处理阶段 | 示意数量 | 该保存什么 |
|---|---|---|
| 下载原始证据行 | 120 行 | 原文件、下载日期、版本 |
| 按研究口径保留 | 90 行 | 筛选条件和排除原因 |
| 去重得到唯一基因 | 70 个 | 稳定 ID、别名处理记录 |
| 表达矩阵可检测 | 52 个 | 命中及未命中列表 |
依据：FerrDb V3 官方帮助：分类、置信等级与数据版本
一张可保存的基因集版本卡
版本卡与实际基因文件一起归档。仅写“下载自 FerrDb”不能重建当时结果；只有论文给出的总数，也无法反推出哪些基因被纳入。若原清单无法获得，应明确说明是按可获得材料近似复现。
set_name: my_ferroptosis_set
source_version: 待填写
downloaded_at: 待填写
rcd_type: ferroptosis
roles_and_confidence: 待填写
species_and_id_system: 待填写
deduplication_rule: 待填写
orthology_release: 不涉及则填写 NA
unique_genes: 待计算
matched_genes: 待计算
file_sha256: 待计算下载入口如何使用
请从 FerrDb 官方下载页获取数据并遵循其使用条款。本页提供的是原创记录模板，不重新分发数据库全量基因清单。比较新旧版本时保持分析输入和方法固定，分别输出结果，以便识别变化究竟来自基因集还是分析流程。
可直接使用的记录模板
- 下载基因集版本记录模板（TXT，无需留联系方式）
不能从当前结果直接得出什么
不存在对所有研究都正确的固定铁死亡基因数。更大的集合未必更特异；人为凑齐论文中的数字也不是成功复现。
依据与版本
- FerrDb V3 官方帮助：分类、置信等级与数据版本FerrDb V3；2026-10-10 核对
- Ensembl：同源基因关系类型Compara 在线文档；映射需另记 release
最后核验：2026-10-10｜资料核验：AI 编写与公开来源核对；未经人工专家审阅
依据公开来源核对概念、输入、证据边界与版本口径；示意数据不代表真实研究结果。仅标明的小型代码示例经过运行检查，不代表完整生物信息流程或原论文已复现。