怎样判断 GEO 数据是芯片、bulk RNA-seq 还是单细胞？

先看结论：不要只看文章题目或下载文件名。应同时核对 GEO 的 experiment type、platform、样本记录、补充文件和原论文方法；数据类型决定后续输入格式和分析流程。

适用情况

准备复用 GEO 数据，但不确定它属于表达芯片、bulk RNA-seq、单细胞还是其他实验。

建议按这个顺序检查

1. 在 GEO Series 页面查看 Experiment type，区分 expression profiling by array、high throughput sequencing 等。
2. 打开 Platform（GPL）记录，确认仪器或芯片型号；Affymetrix/Illumina 芯片不能按 RNA-seq count 流程处理。
3. 核对 GSM 样本和补充文件，判断提供的是原始文件、探针矩阵、count、TPM 还是处理后对象。
4. 阅读原论文 Methods，确认文库类型、测序平台、参考版本和预处理软件。
5. 记录 Series—Sample—Platform—文件之间的对应关系，再选择下游流程。

不能从当前结果直接得出什么

GEO 页面字段可能不完整或上传者表述不统一。仅凭一个矩阵文件通常不能确认原始处理过程；必要时需要结合论文和原始文件核对。

依据与版本

• NCBI GEO 数据库说明NCBI GEO
• NCBI GEO：GSE131952026-10-10 核对

最后核验：2026-10-10｜资料核验：公开来源核对