先看结论：三种方法回答的是相近但不完全相同的问题。AddModuleScore 使用匹配表达水平的对照基因校正；UCell 和 AUCell 基于细胞内基因排序，更适合关注签名在单细胞中的相对活性。选择前要先明确比较单位和基因集大小。
适用情况
已经完成基本质控和表达归一化的单细胞转录组数据，准备在细胞或细胞类型层面评估铁死亡相关签名。
建议按这个顺序检查
- 检查铁死亡基因在对象中的命中率、物种符号和同义名，不能忽略大量未命中基因。
- 使用 AddModuleScore 时记录 assay、layer/slot、nbin、ctrl 和随机种子，并确认对照基因池是否合理。
- 如果数据集大小和细胞组成差异较大，可优先考虑基于排序的 UCell，并把其他方法作为敏感性分析。
- AUCell 更适合判断某个签名是否集中出现在细胞排序前部；阈值不能未经检查直接跨数据集复用。
- 组间推断应以供体或生物学样本为重复单位，不能把几万个细胞当成几万个独立样本。
不能从当前结果直接得出什么
任何单细胞签名分数都受基因集、测序深度、细胞类型和预处理影响。分数升高只能支持转录层面的相关模式，不能单独证明发生铁死亡。
依据与版本
- Seurat AddModuleScore 官方文档Seurat 当前文档
- Bioconductor UCellUCell release
- Bioconductor AUCell 使用说明AUCell release
最后核验：2026-10-10｜资料核验：公开来源核对