多组学与细胞功能分析

不同物种之间的同源基因名称转换分析(50)

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描述

在基础医学研究中，很多实验模型都是在动物上完成的，比如小鼠。假如我们研究某药物的抗肿瘤效果，涉及到机制，最终都会往人上靠的，一般几个基因，数据库直接查一下就可以啦。但如果基因很多，人工查就不太现实。因此整理了可以批量寻找不同物种之间相近同源关系的基因的代码。本代码利用Ensembl数据库中的同源基因定位信息和不同物种基因序列上同源关系的相近程度，寻找不同物种之间相近同源关系的基因，基于物种间基因的同源性，对不同物种之间的同源基因名称转换。首先提供基因列表和源物种信息，根据输入基因ID转换为Ensembl ENSG标识符，检索目标物种的相应同源基因信息，在直系映射后能够自动检索与其输入基因列表对应的同源基因。
使用方法：Rscript –Gorthgene.R –querylist=querylist.txt –source_organism=  –target_organism= 
参数说明：
USAGE:Gorthgene.R  –querylist=<querylist> –source_organism=<source_organism> –target_organism=<target_organism>PARAMETERS:–querylist  the query genes list ,input txt format and filenames.      –source_organism  the name of the  source organism (default set at hsapiens) ,string

–target_organism  the name of the  target organism (default set at mmusculus) ,string

操作步骤：
1、打开命令行界面，输入“Rscript  Gorthgene.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。
2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有3个，分别是–querylist，用户提供基因列表；–source_organism，源物种信息（默认设置为hsapiens）；–target_organism，目标物种信息（默认设置为mmusculus）。
目前可以提供转化的物种信息列表如下
物种信息
Cow btaurus
Dog clfamiliaris
Chicken ggallus
Human hsapiens
Mouse mmusculus
Rabbit ocuniculus
Rat rnorvegicus
Pig sscrofa

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。

结果展示：

共输出1个表格xls格式文件
1. result.xls

 

注：检索出来的同源基因信息：

input：输入基因symbol；

input_ensg：输入基因ensembl ID； 

ortholog_name：转化后的同源基因symbol；

ortholog_ensg：转化后的同源基因ensembl ID；

description：同源基因具体描述 

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