多组学与细胞功能分析

基因组学基因名称修正分析(53)

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描述

做基因组学分析时发现，部分基因名随着数据库的不断变化，被赋予新的名字或别名。另一方面， EXCEL是常用的查看表格的工具，提供了很好的数据筛选、绘图等功能，不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序，但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情，部分基因名会自动转换为日期或浮点。生信分析中经常会做的根据基因名字提取序列、表达量和注释，都会受到这些名字转换的影响。更麻烦的是，一旦被自动转换，再去改成文本格式是无法恢复到原来的文本的，这就会导致大量数据的丢失。因此开发了一款可以批量修正基因组学中基因名称的软件。
比如下表所示以月份开头的基因名字都不可逆的转换为了日期

original EXCEL修改过后
MTARC1 1–Mar
MTARC1 “1–Mar“
MTARC1 “3/1“
MTARC1 “03/01“
MTARC1 “3/01“
MTARC1 “03/1“
MTARC1 “03–1“
MTARC1 “03–01“
MARCHF3 3–Mar
MARCHF3 3月3日
MARCHF4 4–Mar
MARCHF4 3月4日
MARCHF5 5–Mar
MARCHF5 3月5日

人类基因的命名主要包括基因名称和基因符号等内容，绝大多数基因的命名，由国际人类基因命名委员会（HGNC）完成。本软件收集整理识别数据库中过时的HGNC人类基因符号，或可能已被Excel或其他电子表格修改过的基因，然后整理出这些基因名称对应的正确的基因名称。首先用户提供基因列表，根据输入基因ID，检索这些被修改过的基因和其正确的基因信息，通过匹配后能够自动检索与其输入基因列表对应的经过修正的基因。

使用方法：Rscript  CheckGene.R –querylist=querylist.txt 

参数说明：
USAGE:CheckGene.R  –querylist=<querylist> PARAMETERS:–querylist  the query genes list ,input txt format and filenames.  

 

操作步骤：
1、打开命令行界面，输入“Rscript  CheckGene.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数有1个，分别是–querylist，用户提供基因列表3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。

结果展示：

1.result.

 csv

注：检索出来的修正基因信息，x：输入基因symbol；Approved：输入基因是否为现在官方推荐的，FALSE为不推荐，TRUE为推荐 ；Suggested.Symbol：修正后建议使用的基因symbol 同时可以看出使用Excel软件打开，名称再次发生了修改，对于这些容易发生改变的基因名称，一定多检查结果是否前后一致

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