DNA 与生存分析数据可视化

基于样本预后生存信息和临床因素用于评价不同模型的一致性指数软件（44）

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描述

C–index，英文名全称concordance index，也称作一致性指数，主要用于计算生存分析中的COX模型预测值与真实之间的区分度。C–index的计算方法是把所研究的资料中的所有研究对象随机地两两组成对子，以生存分析为例，两个病人如果生存时间较长的一位其预测生存时间长于另一位，或预测的生存概率高的一位的生存时间长于另一位，则称之为预测结果与实际结果相符，称之为一致。现阶段用最多的是肿瘤患者预后模型的预测精度。一般评价模型的好坏主要有两个方面，一是模型的拟合优度（Goodness of Fit)；另外一个是模型的预测精度，主要就是模型的真实值与预测值之间的差的大小，均方误差，相对误差等。从临床应用的角度来说，我们更注重后者，即统计建模主要是用于预测，而C–index就属于模型评价指标的后者。因此，本软件就是基于临床肿瘤样本的生存信息和临床资料，包括年龄、性别、肿瘤等级、TNM分期、肿瘤分期以及风险评分，来评价各个临床特征或联合作用对预后的预测精度。
使用方法：Rscript  timeCindex.R    –input=  参数说明：USAGE:

timeCindex.R  –input=

PARAMETERS:

–input  the expression data,the first column is sample name,the second  column is overall survival status ,the third column is overall survival time,From the fourth column to the last column, there are clinical factors.input csv format. 

操作步骤：

1、打开命令行界面，输入“Rscript timeCindex.R”调阅帮助文档，确定该程序所需的输入文件。

2、用户根据帮助文档中的参数说明内容，对参数进行设置。这里，必须输入参数只有1个为 –input，表示样本的临床信息和生存预后信息，前两列分别是生存状态和生存时间，从第三列开始依次是样本的临床信息，比如年龄，性别，TNM分期等等。

3、完成参数提交后，按下回车键，整个程序即正式开始进入执行。每步执行内容都会给出提示。程序执行完毕后，界面会显示”Program execution is completed“结束语。

流程图：
结果展示：
1. cindex.csv
该文件表示各个模型1–10年期间对预后的预测一致性指数C–index，第一列为对应的年份，每半年进行一次计算。

2. time–dependent Cindex.pdf

该图表示各个模型的C–index随着时间变化的分布折线图，一般高于0.6认为模型具有较高的预测精度（这里由于是随机模拟的数据，整体指数都不是很高）

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