空间转录组技术沟通系列 · 第 2 篇 / 共 5 篇
客户说“我们有两张空间切片，能做细胞通讯、找机制吗？”前端如果马上报分析模块，很容易在拿到数据后才发现：关注区域没取到，关键基因不在面板里，或者两张切片其实来自同一个人。
判断空间项目适不适合做，先把研究问题与数据条件对上。售前不必现场审核每个参数，但要问清样本、平台、目标区域和已有材料，再把需要分析老师确认的风险交接出去。这样更容易确定有价值的分析范围，也减少后续反复改目标。
上一篇介绍了8类常见分析与客户沟通要点。这一篇回答更靠前的问题：客户这批资料，究竟能支持哪些分析？
一、先问目标：客户要找位置，还是比较分组？
“看免疫细胞在哪里”和“证明治疗后免疫细胞普遍增加”，需要的证据不同。前者可以先在一张切片中探索定位；后者还要考虑独立个体、分组、取材与批次，不能只靠一张图中的大量细胞回答。
建议让客户补完这句话：“我们想在____组织中，比较或定位____，希望据此决定____。”例如，定位病灶边缘的某类细胞，是可讨论的空间问题；希望直接证实某通路导致疗效，则需要进一步拆成可分析的问题和实验验证步骤。
没有明确空间问题时，可以先梳理已有证据。不能因为客户预算够，就默认把空间分区、解卷积、通讯和所有进阶模块都装进方案。
二、平台名称相近，实际测到的东西可能不同
先区分表达数据的单位：spot是采样点，bin是按空间大小汇总的网格，分割后的细胞则依赖图像和边界识别。混合spot可能包含多类细胞；小bin也不自动等于一个完整细胞。细胞级结果同样要检查分割质量。[1]
售前应记录完整平台、检测方案及分析版本，不能只写“10x空间”。例如，Visium不同检测方案、HD网格结果和细胞分割结果并非同一输入；Xenium还要核对实际使用的基因面板。分析单位决定可以怎样讲“定位精度”，检测范围决定哪些问题有表达信息可用。
| 先核对什么 | 会影响什么判断 | 条件不足时怎么处理 |
|---|---|---|
| 物种、组织与检测方案 | 探针、注释和参考数据是否匹配；不能只凭软件能读入就认定支持。 | 把方案名称和物种交给分析老师核对资源；非标准情况先评估，不先承诺全套。 |
| 目标基因与面板覆盖 | 靶向面板只测设计范围；核心标记或配体受体缺失，会限制注释与通讯解释。 | 用实际面板与目标基因清单求交集。缺失信号明确为未测或不可判定，不能用“没有表达”替代。[2] |
| 组织区域与取材位置 | 切片是否包含客户关心的病灶、边界或对照区域。 | 请客户提供可分享的组织图与区域标注；缺关键区域时缩小问题或讨论补取材。 |
| 独立个体、切片与批次 | 决定能否从局部观察走向分组比较。多个切片不自动增加独立个体。 | 建立个体—切片—分组对应表。重复不足时以描述和候选探索为主，另谈补样本或验证。[6] |
| 图像、坐标与分割 | 错位或错误边界会改变细胞归属和距离关系。 | 叠加图像、坐标及边界检查重点区域；可修复的重新处理，无法修复的区域不做精确解释。 |
| 有效信号与质量分布 | 整体均值不错，也可能掩盖关键区域的低信号或局部异常。 | 看质量在组织中的分布，区分局部问题与全片问题，记录剔除区域和解释范围。[3] |
上述是项目沟通建议，不是统一的实验合格标准。基因覆盖还要结合具体目的看：能区分主要细胞类型，不意味着足够支持所有通路或细分状态。不同面板的数据直接比较时，也要说明使用了哪些共同检测基因，避免把检测差异解释成生物学差异。
三、质量报告怎么讲，客户才知道为什么要先看？
可以把质量评估解释成：“先确认关键区域有没有被可靠测到，再判断图上的变化值不值得继续研究。”报告的作用不是为项目盖一个简单的合格章，而是明确哪些区域可用、哪些问题能回答、哪里需要保留判断。
核对时至少把组织图、信号分布和报告告警放在一起看。组织脱落、褶皱、局部低信号，以及图像或分割异常，处理方式不同。Xenium官方文档也提醒，单一指标不能决定整次实验成败；出现告警后，应结合实验条件和人工检查判断后续可用性。[4]
因此，前端不要承诺“达到某个数就一定能分析”，也不要看到一个红色告警就直接判废。RNA质量、每个分析单位的信号量等指标，必须对应具体组织、样本处理方式和检测方案；实验前准入条件与实验后数据可用性也不是同一件事。
举个假设场景：整张切片信号尚可，但客户关注的病灶边缘有组织缺损。保留下来的区域可能仍能做图谱和局部比较，却未必适合回答边缘距离梯度。处理措施应是调整可解释区域，必要时补材料，而不是靠更复杂的算法填补缺失组织。
四、只有一个矩阵，能不能直接开始？
表达矩阵是重要输入，但空间分析还需要知道这些表达对应哪里、来自哪个样本。先确认客户交付的是完整平台输出、已经处理过的对象，还是几张结果图。材料缺失不一定要重做实验，很多时候应先向原数据提供方补齐已有输出。
| 最少要核对的材料 | 用途与缺失时的处理 |
|---|---|
| 样本信息表：供体、分组、切片、区域、批次 | 判断比较关系；来源不明先补对应关系，不能把文件数直接当样本数。 |
| 表达矩阵、基因信息和处理说明 | 明确原始计数或标准化阶段、过滤方式；只有截图时先取回可分析数据。 |
| 空间坐标、比例或变换信息、对应组织图像 | 把表达放回组织，核对方向、尺度与配准；缺失时先回查原平台输出。 |
| 质控报告、检测方案及版本记录 | 解释告警、有效范围和输出结构；同平台不同版本也要核对。 |
| 面板或探针清单；涉及细胞级分析时的分割输出 | 确定可测基因与细胞边界依据；按实际平台收集，不机械要求所有平台提供同一种文件。 |
| 病理区域标注、已有候选、配套单细胞参考 | 明确区域含义与注释证据；参考不匹配时另评估方法，不把公共参考自动当作配套数据。 |
Space Ranger官方文档说明，输出结构随检测方案、软件版本、参数及分析层级改变；HD网格与细胞分割输出需要区分。Xenium的质量摘要则包含面板、分析版本和分割方式等信息。可先索取文件清单和摘要，再约定正式数据交接。[5][3]
五、评估后给客户一个明确的下一步
条件基本齐全：围绕一个明确问题，确认区域、比较对象、方法和交付物。例如先交付关注细胞的空间分布及注释依据，再决定是否扩展邻域分析。
材料可以补齐：列明缺什么、由谁提供、补齐后判断什么。不要把“需要坐标和报告”说成“这个项目不能做”，也不要在资料未知时给确定结论。
数据不支持原目标：说明限制来自哪里，并给出可选路径。缺独立重复可讨论局部探索与后续验证；关键基因未测到，可调整目标或讨论额外检测；关键组织缺失，不能承诺用算法恢复真实信息。
这三类不是固定报价档位。售前交接应写明“目标—已知条件—待确认问题—建议范围”，让分析老师能接着判断，而不是只收到一句“客户想做空间全套”。
六、一段可以直接用于客户沟通的话术
“空间分析的价值，是把您关注的表达变化放回组织位置。我们先核对目标区域是否包含在切片里、平台有没有测到关键基因，以及图像和质量是否支持这个问题。条件合适，就围绕重点区域确定分析和交付；有缺口时，会明确需要补什么，或者哪些结论目前只能作为探索。”
准备咨询时，可先提供研究问题、物种组织、平台方案、独立样本与切片数量、已有数据阶段，以及可分享的质量摘要。云生信可据此沟通分析可行性、需要补充的材料和交付范围；完整原始数据的传输方式另行确认。
下一篇：空间分区与细胞定位。进一步讲清“组织哪里不同、关注细胞在哪里”，以及解卷积和区域比较的前提。
资料依据
核对日期：2026年11月11日。本文将官方说明与研究原则转化为售前判断建议；具体阈值和文件要求以实际方案及版本为准。
