10x Genomics 单样本数据量
10x Genomics Chromium 单细胞 3' mRNA 测序的原始数据量取决于测序深度和细胞通量。
| 目标细胞数 | 测序深度 | FASTQ 原始数据 | BAM/矩阵 | 总存储 |
|---|---|---|---|---|
| 1,000 | 20k reads/cell | ~3 GB | ~1 GB | ~5 GB |
| 5,000 | 20k reads/cell | ~10 GB | ~3 GB | ~15 GB |
| 10,000 | 20k reads/cell | ~20 GB | ~5 GB | ~30 GB |
| 50,000 | 20k reads/cell | ~50 GB | ~15 GB | ~70 GB |
数据量怎么算
10x 单细胞的推荐测序深度为每个细胞 20,000-50,000 reads。以 10,000 个细胞、30,000 reads/cell 为例：
- 总 reads = 10,000 × 30,000 = 3 亿条
- 每条 read 150bp 双端 = 300bp
- 原始数据 ≈ 3亿 × 300bp ÷ 2（碱基编码）≈ 20 GB（FASTQ）
存储规划建议
除了原始 FASTQ，还需要存储中间文件（BAM、filtered_feature_bc_matrix、分析结果）。建议总存储按原始数据的 2-3 倍规划。10 个样本的项目建议至少 1TB 存储。