AlphaFold2 GPU 需求
AlphaFold2 的核心计算（MSA 搜索 + 结构推理）在 GPU 上运行。显存需求取决于序列长度。
| 序列长度 | 最低显存 | 推荐 GPU | 预测耗时 |
|---|---|---|---|
| <700 aa | 8 GB | T4 16GB | 5-15 分钟 |
| 700-1500 aa | 16 GB | T4 16GB / A10 24GB | 15-30 分钟 |
| 1500-2500 aa | 24 GB | A10 24GB | 30-60 分钟 |
| >2500 aa（多聚体） | 40-80 GB | A100 40-80GB | 1-3 小时 |
AlphaFold3 配置需求
AlphaFold3（2024 发布）支持蛋白-核酸、蛋白-小分子复合物预测，计算量更大：
- 最低：A10 24GB（短序列）
- 推荐：A100 40GB（大多数场景）
- 大规模多聚体：A100 80GB
批量预测
如果有数百到数千个序列需要预测，GPU 速度是关键。建议使用 ColabFold（批量模式）或本地部署 AlphaFold，A100 80GB 可同时跑 4-8 个预测任务。