三种数据传输场景
| 场景 | 数据量 | 推荐方案 | 速度 |
|---|---|---|---|
| 本地→服务器 | <10 GB | scp / rsync | 取决于带宽 |
| GEO/TCGA→服务器 | 50-500 GB | Aspera / SRA Toolkit | 100+ MB/s |
| 测序中心→服务器 | >1 TB | 邮寄硬盘直接挂载 | 最快 |
scp 和 rsync
# scp 上传单个文件
scp -P 7222 sample_R1.fastq.gz user@server:~/data/
# rsync 同步目录（支持断点续传）
rsync -avzP --partial -e "ssh -p 7222" ~/data/ user@server:~/data/
# 后台传输（防断连）
nohup rsync -avzP -e "ssh -p 7222" ~/data/ user@server:~/data/ > transfer.log 2>&1 &Aspera 高速下载 GEO 数据
# 安装 Aspera
conda install -c hcc aspera-cli
# 下载 SRA 数据
ascp -v -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/SRRxxx/SRR123456.sra ./
# 或使用 prefetch
prefetch SRR123456
fastq-dump --split-3 SRR123456.sraAspera 速度可达 100-300 MB/s，比普通 HTTP 下载快 10-50 倍。
邮寄硬盘（TB 级数据）
对于大规模测序数据（>1TB），最经济的方案是将硬盘邮寄到机房直接挂载。一块 4TB NVMe 硬盘成本约 ¥800，邮寄费 ¥20。比传输 4TB 数据（100Mbps 带宽需要约 4 天）快得多。