Conda + Bioconda 一键安装
Bioconda 是专门为生物信息学打造的 Conda 频道，包含 8,000+ 生信软件包。
# 1. 安装 Miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 2. 添加 Bioconda 频道
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
# 3. 创建环境并安装工具
conda create -n wes bwa-mem2 gatk4 samtools bcftools vcftools
conda create -n scrna-seq seurat=5.0 scanpy python=3.10
conda create -n rna-seq star hisat2 stringtie deseq2常用工具环境
| 环境名 | 包含工具 | 用途 |
|---|---|---|
| wes | bwa-mem2, gatk4, samtools, vcftools | 外显子组/基因组变异分析 |
| scrna-seq | seurat, scanpy, harmonypy | 单细胞转录组分析 |
| rna-seq | star, hisat2, stringtie, deseq2 | 转录组分析 |
| metagenome | megahit, metabat2, diamond, kraken2 | 宏基因组分析 |
| deeplearning | pytorch, tensorflow, cudatoolkit | 深度学习训练 |
环境管理常用命令
conda env list # 列出所有环境
conda activate wes # 激活环境
conda env export > env.yml # 导出环境配置
conda env create -f env.yml # 从配置恢复环境
conda remove -n wes --all # 删除环境使用预装环境的云生信服务器，可跳过以上步骤，开机即用。