表观基因组学算力需求

ChIP-seq 和 ATAC-seq 是表观遗传学最常用的技术。分析流程包括比对(Bowtie2)、峰值检测(MACS2)、 motif 分析和差异峰值分析。

样本数CPU内存存储
10 以内32 核64 GB1-2 TB
10-5064 核192 GB2-4 TB
50+(含 ArchR scATAC)64 核192-384 GB3-5 TB

关键提示:峰值检测需较大内存缓存数据,ATAC-seq 的 TSS enrichment 分析对内存较敏感。单细胞 ATAC-seq(scATAC)使用 ArchR 分析时,10万细胞需 64GB 以上内存。