表观基因组学算力需求
ChIP-seq 和 ATAC-seq 是表观遗传学最常用的技术。分析流程包括比对(Bowtie2)、峰值检测(MACS2)、 motif 分析和差异峰值分析。
| 样本数 | CPU | 内存 | 存储 |
|---|---|---|---|
| 10 以内 | 32 核 | 64 GB | 1-2 TB |
| 10-50 | 64 核 | 192 GB | 2-4 TB |
| 50+(含 ArchR scATAC) | 64 核 | 192-384 GB | 3-5 TB |
关键提示:峰值检测需较大内存缓存数据,ATAC-seq 的 TSS enrichment 分析对内存较敏感。单细胞 ATAC-seq(scATAC)使用 ArchR 分析时,10万细胞需 64GB 以上内存。