BWA-MEM2 比对速度参考
BWA-MEM2 是 BWA-MEM 的改进版，速度提升 2-5 倍，内存占用约 80 GB（加载完整 GRCh38 索引）。
| 数据类型 | 16 核 | 32 核 | 64 核 |
|---|---|---|---|
| WES 100x | 60-90 分钟 | 30-45 分钟 | 15-20 分钟 |
| WGS 30x | 6-8 小时 | 3-4 小时 | 1.5-2 小时 |
加速方案
方案 1：多线程——BWA-MEM2 原生支持 -t 参数指定线程数：bwa-mem2 mem -t 32 ref.fa read_R1.fq read_R2.fq > out.sam
方案 2：FASTQ 分块并行——将 FASTQ 拆分为 N 块，每块在独立 CPU 上比对，最后 samtools merge 合并。适合大规模队列。
方案 3：DRAM 优化——BWA-MEM2 的索引加载需要约 80 GB 内存。如果内存不足会频繁 swap，速度骤降。确保内存 ≥ 80 GB 是加速的前提。
常见慢的原因
- 内存不足导致 swap（最常见）——确保 ≥ 80 GB 可用内存
- 存储 I/O 瓶颈——NVMe SSD 比 HDD 快 10-20 倍
- CPU 核数不足——队列分析建议 ≥ 32 核