DESeq2 内存需求
DESeq2 的内存消耗与样本数量 × 基因数量成正比。人类转录组约 20,000 个基因，小鼠约 23,000 个。
| 样本数 | 基因数 | count 矩阵 | DESeq2 峰值内存 | 推荐内存 |
|---|---|---|---|---|
| 6（3vs3） | ~20,000 | ~5 MB | ~2 GB | 8 GB |
| 20 | ~20,000 | ~15 MB | ~4 GB | 16 GB |
| 50 | ~20,000 | ~40 MB | ~8 GB | 32 GB |
| 100+ | ~20,000 | ~80 MB | ~16 GB | 64 GB |
完整 RNA-seq 流程的算力需求
除了 DESeq2，完整的 RNA-seq 分析还包括比对（HISAT2/STAR）和定量（featureCounts），这些步骤更吃 CPU 和内存：
- STAR 比对：需加载参考基因组索引（~30 GB 内存），建议 64 GB
- HISAT2 比对：索引约 8 GB，建议 32 GB
- StringTie 定量：内存需求低，16 GB 足够
推荐配置
- 小规模（<20 样本）：16 核 / 32 GB / 2 TB
- 中等规模（20-100 样本）：32 核 / 64 GB / 4 TB
- 大规模（100+ 样本）：64 核 / 128 GB / 8 TB