GATK HaplotypeCaller 的 CPU 需求
GATK4 HaplotypeCaller 支持多线程（--native-pair-hmm-threads），变异检测时间与 CPU 核数近似成反比。
| 数据类型 | 深度 | 16 核耗时 | 32 核耗时 | 64 核耗时 |
|---|---|---|---|---|
| WES 100x | 100x | 4-6 小时 | 2-3 小时 | 1-1.5 小时 |
| WGS 30x | 30x | 16-20 小时 | 8-10 小时 | 4-5 小时 |
| WGS 60x | 60x | 32-40 小时 | 16-20 小时 | 8-10 小时 |
并行加速方案
除了单样本多线程，更高效的方案是按染色体/区间分块并行：
- 使用 GATK
-L chr1 -L chr2 ...按染色体拆分任务 - 每个任务分配 8-16 核，多个任务同时运行
- WES 100x 样本：32 核并行可在 30-40 分钟内完成
Mutect2 体细胞突变
Mutect2 的 CPU 需求与 HaplotypeCaller 类似。Tumor-Normal 配对模式需要双倍计算资源。推荐每个 Mutect2 任务分配 16 核以上。