网络药理学流程与算力需求
| 环节 | 工具 | 算力需求 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 活性成分筛选 | TCMSP / TCMID | 网页操作 | OB≥30%, DL≥0.18 |
| 靶点预测 | SwissTargetPrediction / PharmMapper | 网页操作 | 提交后等待 |
| 疾病靶点 | GeneCards / DisGeNET | 网页 + Excel | — |
| 互作网络（PPI） | STRING + Cytoscape | 8GB 内存 | Cytoscape 大网络吃内存 |
| GO/KEGG 富集 | clusterProfiler | 16 GB 内存 | 联网下载注释 |
| GEO 表达验证 | GEOquery + limma | 32 GB 内存 | 大矩阵微阵列/测序 |
| 分子对接 | AutoDock Vina | 单对接 4GB；批量筛选 64GB+ | 见对接专文 |
什么时候需要服务器
- GEO 数据集多样本合并后矩阵超过 2GB，笔记本频繁卡死
- 批量分子对接（成分 × 靶点 > 1000 对）需要连续多天运行
- 需要 R 环境 + Cytoscape + 对接软件同机协作，避免来回拷数据
推荐配置
常规网络药理学（无对接）：16-32GB 内存 + 512GB SSD 即可。进阶（GEO 挖掘 + 批量对接 + 动力学模拟）：64GB 内存 + 16 核 + 2TB NVMe，可以把“筛选-对接-验证”全流程固化在一台机器上，两周内完成一篇完整分析。
常见问题
网络药理学用普通笔记本能做吗？
能。核心数据库都是网页版，R 部分富集分析 16GB 内存即可。只有做 GEO 表达差异 + 大规模分子对接时需要更高配置。
网络药理学文章还能发吗？
纯网络药理学越来越难发，建议结合实验验证（WB/qPCR）、分子对接动力学或单细胞数据验证，提升证据等级。