全流程数据库地图
| 环节 | 首选 | 备选 | 数据规模 |
|---|---|---|---|
| 中药成分 | TCMSP | TCMID / HERB / SymMap | 500+ 药材 |
| 成分靶点 | SwissTargetPrediction | PharmMapper / SEA | 批量提交受限 |
| 疾病靶点 | GeneCards | DisGeNET / OMIM | 按 GDA 分数筛 |
| PPI 互作 | STRING | BioGRID / IntAct | confidence≥0.4 |
| 富集分析 | clusterProfiler | DAVID / Metascape | 本地 R 可复现 |
| 表达验证 | GEO | ArrayExpress / TCGA | 按疾病检索 |
| 分子对接 | AutoDock Vina | MOE / Discovery Studio | 开源免费 |
实操建议
- 成分靶点建议 三库交叉（Swiss + PharmMapper + BATMAN），取至少两库命中，审稿人更认可
- GeneCards 下载后用 R 处理，别在 Excel 手工筛——重复操作不可复现
- STRING 导出后进 Cytoscape 用 CytoNCA 做 hub 基因筛选，比纯度 centrality 更有说服力
把这些流程固化到服务器
数据库网页端不稳定、限流、排队是常态。把 clusterProfiler、Vina、Cytoscape headless 脚本化部署到服务器上，配合定时缓存常用数据库镜像，可以把等待网页响应的时间全部省掉。
常见问题
TCMSP 打不开怎么办？
TCMSP 服务器不稳定是常态。替代方案：BATMAN-TCM 2.0（含成分靶点预测）、HERB 数据库、SymMap 中医对称图谱数据库，三个交叉验证还能提升说服力。
靶点取交集用什么工具方便？
R 的 VennDiagram/UpSetR，或在线工具微生信。数量多时建议 UpSet 图替代 Venn 图。