先看结论：GSE13195 的 GEO 平台是 GPL5175：Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array，属于表达芯片。芯片信号不是 RNA-seq 测序片段计数，不能直接套用原始 count 的差异分析流程。复现应先识别下载文件是原始芯片数据还是已处理矩阵，再核对注释、分组与配对。
适用情况
正在复现引用 GSE13195 的文章，或者看到旧文将它描述为 RNA-seq，准备下载并分析该队列。
建议按这个顺序检查
- 用 GSE13195 原始登记和 GPL5175 平台记录确认实验类型，在复现说明中记录访问日期。
- 逐项列出实际下载文件、校验值和处理说明，不凭扩展名或文件中的整数认定数据类型。
- 若获取原始 CEL 等芯片文件，选择与该芯片匹配的读取、质控和预处理方法；若获取处理后矩阵，先核对已完成哪些步骤。
- 使用匹配版本的探针或 transcript cluster 注释映射到基因，并保存一对多和重复探针的处理规则。
- 按核实后的分组、配对和协变量建立适当芯片表达模型，再考虑铁死亡相关富集或评分。
从两条输入路径开始复现
| 拿到的材料 | 首先做什么 | 不能直接做什么 |
|---|---|---|
| 原始芯片文件 | 核对平台支持、质量、背景与归一化流程 | 用 RNA-seq 文库大小方法处理信号 |
| 处理后表达矩阵 | 阅读数据处理说明、检查尺度和注释 | 未经确认重复取 log 或重复标准化 |
| 只有作者结果表 | 检查完整性并寻找上游输入 | 声称已经从原始数据复现 |
| 旧文截图或热图 | 回到 GEO 和论文材料 | 从图形反推样本身份和真实表达量 |
依据：NCBI GEO：GSE13195 原始登记记录 · Bioconductor：limma 软件介绍与用户指南入口
为什么把小数四舍五入也不成立
DESeq2 对计数输入的要求来自其测量和统计模型，并不是简单检查文件有没有小数。把芯片信号 round() 后变成整数，仍然没有产生测序文库和计数采样过程，不能因此让流程在科学上成立。
芯片数据可以参与铁死亡研究，关键在于按其测量特点处理，再解释基因集信号。适当的线性模型设计是后续推断的基础。
依据：Bioconductor：limma 软件介绍与用户指南入口 · DESeq2 官方教程：输入、设计矩阵与技术重复
GSE13195 复现记录的最低字段
本页确认了公开登记的数据类型；没有逐样本完成临床分组复核，也没有重新运行该队列。不要把这份输入路径说明当作已复现的结果报告。
accession: GSE13195
platform: GPL5175
assay: Affymetrix Human Exon 1.0 ST Array
input_files_and_checksums: 待填写
preprocessing_already_done: 待核对
annotation_version: 待填写
sample_group_and_pairing: 逐 GSM 核对
model_and_contrast: 待填写
reproduction_status: 未重跑不能从当前结果直接得出什么
平台确认不等于样本筛选完成。样本数量、可用对照、配对和处理步骤必须以当前原始记录及文件为准，不能照抄旧文中未经核实的字段。
依据与版本
- NCBI GEO：GSE13195 原始登记记录GSE13195 / GPL5175；表达芯片
- Bioconductor：limma 软件介绍与用户指南入口limma release 文档；2026-10-10 核对
- DESeq2 官方教程：输入、设计矩阵与技术重复release 在线教程；示例应匹配本地版本
最后核验：2026-10-10｜资料核验：AI 编写与公开来源核对；未经人工专家审阅
依据公开来源核对概念、输入、证据边界与版本口径；示意数据不代表真实研究结果。仅标明的小型代码示例经过运行检查，不代表完整生物信息流程或原论文已复现。