在这张发育中人心脏切片上，有一个点位很容易被一张配色图讲漏。按占比最高的类型给它上色，它会被标成“心房肌细胞”；打开比例表，同一个点还有 38.1% 的心室肌细胞估计占比。一张图上的一种颜色，压缩了多少信息？我们用这张切片的真实结果来看。
想边看边对照，可以直接打开工具，选「公开样例」，点「运行样例」。在云生信运行这张心脏切片 →
同一张切片，心房肌和心室肌信号集中在哪里？
样例来自 SpatialDWLS 作者公开的发育第 6 周人心脏样本 10，共有 210 个空间点位。一个点位会采到周围多个细胞的 RNA。SpatialDWLS 利用单细胞参考表达谱，估计哪些细胞类型的组合能解释这个点位的表达。本次分析用了 15 类参考细胞和 866 个共有参考基因。方法论文 · 心脏切片与参考数据
先看上排前两幅。在相同的切片坐标上，心室肌细胞的高占比点在图的中下部连成一片；换看心房肌细胞，同一片位置大多转为深色，上部和右侧局部的点反而亮起来。沿着相邻点看，这两类参考表达呈现出不同的空间分布。要进一步把区域标为具体解剖结构，还需将坐标与组织学切片配准后核对。
把同一个点的两列比例放在一起读
下面四行来自工具输出的完整比例表。读第一行时留意哪一类占主导；读第三行时，留意主导类型以外还剩下多少信号。
| 点位 ID | 心室肌细胞 | 心房肌细胞 |
|---|---|---|
| 10x9x7 | 99.1% | 0.9% |
| 10x8x20 | 0.0% | 100.0% |
| 10x12x19 | 38.1% | 53.7% |
| 10x19x21 | NA | NA |
最值得回看的是第三行。在 10x12x19，这两类加起来约占 91.8%，其余约 8.2% 分给了其他参考类型。只看主导类型图，这个点与第二行都会显示为心房肌细胞占优；看完整比例，就知道哪一个点更值得放大，去核对周围点位、组织图像和标志基因。两类信号共同出现在一个采样点，可以提示局部混合；要判断细胞是否彼此接触，还需要更高空间分辨率的证据。
这张表记录的是模型估计。第二行的 100% 表示在给定参考谱和参数下，模型将该点的组成全部分给心房肌细胞。最后一行的 NA 则表示没有得到可用的比例，读表时应保留缺失。本次 210 个点位中，209 个得到估计，1 个未求解。
自己跑一次，找回那个混合点位
进入工具后点击「运行样例」，先看页面按主导细胞类型着色的空间图，再点「下载完整比例表 TSV」，搜索 10x12x19。对照 Atrial_cardiomyocytes 和 Ventricular_cardiomyocytes 两列，就能从图上的一个颜色读回两种细胞的估计占比。本文的五幅分图，也来自同一张比例表。打开 SpatialDWLS，直接运行心脏切片样例 →
换自己的切片时，准备空间表达矩阵、同物种且与组织匹配的细胞类型参考表达谱，以及点位分组表。空间矩阵使用归一化后取对数的数值，参考谱使用归一化后、取对数前的平均表达。点位表再加上 x、y 两列，就能把估计比例放回组织坐标。本文使用云生信样例的四组点位分组；原论文教程采用 Leiden 分组。
