基因组组装——最吃内存的任务
de novo 基因组组装(SPAdes/Flye/Canu)是生物信息学中内存消耗最大的任务之一。内存需求与基因组大小正相关。
| 基因组大小 | 典型物种 | 内存需求 | CPU | 存储 |
|---|---|---|---|---|
| 100 Mb | 细菌/真菌 | 32-64 GB | 32 核 | 1-2 TB |
| 1 Gb | 水稻/果蝇 | 256 GB | 64 核 | 5-10 TB |
| 3 Gb | 人类/小鼠 | 512 GB | 96 核 | 10-20 TB |
| 10+ Gb | 小麦/松树 | 1 TB | 96+ 核 | 20+ TB |
推荐配置:96 核 / 512 GB 内存 / 10-20 TB 存储。这是整个生信领域最内存密集型的任务。