基因组组装——最吃内存的任务

de novo 基因组组装(SPAdes/Flye/Canu)是生物信息学中内存消耗最大的任务之一。内存需求与基因组大小正相关。

基因组大小典型物种内存需求CPU存储
100 Mb细菌/真菌32-64 GB32 核1-2 TB
1 Gb水稻/果蝇256 GB64 核5-10 TB
3 Gb人类/小鼠512 GB96 核10-20 TB
10+ Gb小麦/松树1 TB96+ 核20+ TB

推荐配置:96 核 / 512 GB 内存 / 10-20 TB 存储。这是整个生信领域最内存密集型的任务。