千人队列 GWAS 分析需要什么配置？

GWAS 分析的三个阶段

阶段 1：变异检测——每个样本单独用 GATK HaplotypeCaller 生成 GVCF。1000 个样本 × 30x WGS，64 核并行约需 2-3 周。

阶段 2：联合基因分型（GenotypeGVCFs）——将所有 GVCF 合并为一个 VCF。这是内存密集型步骤。

队列规模	GenotypeGVCFs 内存	VCF 文件大小	推荐存储
100 人	32-64 GB	~30 GB	4 TB
500 人	128 GB	~150 GB	16 TB
1,000 人	256 GB	~300 GB	32 TB
5,000 人	512 GB+	~1.5 TB	64 TB+

阶段 3：关联分析（PLINK / SAIGE / REGENIE）——PLINK 加载 VCF 需要大量内存；SAIGE 对超大规模队列（>10万人）更高效。