现有数据能回答什么
区分直接测量、组学推断和仍需补充的证据。
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你的空间转录组项目，
下一步该做什么？
从平台和组织图像开始，核对输入、空间单位、样本重复、单细胞参考和计算资源。
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描述问题，获得一张可核对的任务答案
三类常见任务
先判断证据层级，再选择方法和下一步
评分、整合或结果冲突
核对输入、算法、研究单位和不同结果的实际含义。
审稿卡住或流程跑不动
把证据缺口、软件环境和真实资源瓶颈分开。
首发审核问题库
从 8 个高频问题找到下一步
基础与证据S01
spot、bin、细胞分割和单细胞分辨率有什么区别？
它们是不同的空间测量单位。spot 或 bin 可能包含多个细胞；分割得到的 cell 也依赖图像与算法，不能自动等同于真实单细胞测量。
查看完整答案数据与输入S02
Space Ranger 的 raw matrix 和 filtered matrix 应该选哪个？
filtered matrix 只保留被判定为组织相关的条形码，适合多数常规下游；raw matrix 包含更广的条形码，可用于背景和组织判定等专门检查。
查看完整答案数据与输入S03
空间转录组质控不能只看基因数，还要检查什么？
还要检查组织与捕获区域对齐、背景、空间覆盖、测序饱和度、线粒体/核糖体信号、分割质量和切片间一致性。
查看完整答案分析方法S04
多个切片怎样整合，才不会抹掉真实空间差异？
先区分切片、个体、批次和生物条件，再决定是否校正。整合用于对齐可比结构，不应强迫不同组织区域完全重合。
查看完整答案分析方法S05
空间转录组怎样和单细胞数据做细胞类型映射？
先保证单细胞参考的组织、条件和注释可比，再选择标签转移或解卷积；预测比例和置信度都应保留。
查看完整答案研究设计S06
空间点很多，为什么仍然不能把每个 spot 当独立样本？
同一切片中的位置共享个体、处理和空间相关性，不是独立生物学重复。组间推断应回到个体或独立切片设计。
查看完整答案结果排查S07
组织图像对齐或分割不准，应该先重跑还是直接下游？
先判断误差是否会改变组织内位置、细胞边界或表达归属。关键对齐错误应在下游前修正并保留原始图像和参数。
查看完整答案环境与算力S08
Space Ranger 和空间下游分析需要多少内存与存储？
资源取决于 assay、FASTQ 规模、参考、切片数、bin 分辨率和是否保留 BAM。应先用一个代表性样本试跑，再按峰值和并发扩展。
查看完整答案当前筛选中没有直接匹配项，可以回到上方描述具体任务。
答案如何产生
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来源负责约束。
每次只检索当前专题中已核对的问题、原始研究、数据库和官方软件文档。找不到依据时，不生成确定性结论。
- 01识别任务
区分数据判断、方法选择、结果排查、返修和算力问题。
- 02检索审核资料
按专题、数据类型、软件和任务阶段检索。
- 03保留边界
答案必须显示适用条件、限制、来源和一个下一步。
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